Το Μουσείο στεγάζεται σε κτίσμα του 1966, εμβαδού 75 τ.μ., ιδιοκτησίας της οικογένειας των Ποντίων προσφύγων Μιχαήλ Ιορ. Ιορδανίδη, ζωέμπορου (από την περιοχή του Καρς, 1907-1965) και της συζύγου του Μαρίας Ιωάν. Μαυρίδου (από την Οινόη της Σαμψούντας, 1915-1993).
Χρησιμοποιήθηκε ως αχυρώνας. Στα μέσα της δεκαετίας του 1990 είχε περιέλθει σε αχρησία και ήταν σχεδόν ετοιμόρροπο.
Είναι κατασκευασμένο από τσιμεντόλιθους, έχει σχήμα παραλληλόγραμμο (μονόχωρο), με ύψος έως 4,5 μέτρα, κατάλληλο για τις ανάγκες και το σκοπό που είχε αρχικά κατασκευασθεί, ενώ λόγω της απουσίας ταβανιού είναι ορατή όλη η ξυλοκατασκευή για την στήριξη της οροφής, γεγονός που δημιουργεί μια ξεχωριστή ατμόσφαιρα στο χώρο.
Το Μουσείο από ιδρύσεώς του φιλοξενήθηκε διαδοχικά στην Κομοτηνή και στο Θρυλόριο: από το 1995 έως το 2000 στην Κομοτηνή, από το 2001 έως τον Ιούνιο 2009 στο Θρυλόριο, από τον Ιούλιο 2009 έως τον Ιούνιο 2010 στην Κομοτηνή και τέλος από τον Ιούλιο 2010 μέχρι και σήμερα, στο Θρυλόριο.